砂州的珊瑚礁区主要是分布在南砂及北砂，其中最大的珊瑚礁遍布区位于北砂，距离美里西南面的美里实务的珊瑚礁国家公园，是国内其中一个，本州最大的珊瑚礁国家公园面积达18万6930公顷，44个珊瑚礁岩区，面对美里沿岸的土地开发、道路建造、农业，及北砂最大河–峇南河冲击大量泥沙，注入大海造成水质污染，对珊瑚礁生长与死亡，构成巨大的危害。
拖网渔船深夜作业
砂森林企业机构目前非常关注，拖网渔船在沿海拖网捕捞问题，此问题一直出现在全砂各地，包括早年在达朗达朗岛、沙当岛水域，一度遭拖船渔船的破坏，造成海洋生物栖身的水下雨林生态环境，严重受对打击；一些珊瑚礁被捕捞经过拖网渔船，一网打尽。
面对打击非法作业的拖网渔船活动，砂森林企业机构无计可施，进行夜间巡逻活动，面对各种挑战；大部分越界捕捞的拖网渔船都在入夜后，才进入浅海范围捕捞，造成执法面对艰辛。
美里岸外拥有最近陆地的珊瑚礁，距离岸上超过一海里，美里实务的珊瑚礁国家公园沿岸7海里内都是珊瑚礁区，此处也是主要鱼类栖息地和繁殖区。
本州离岸最远的珊瑚礁岩是位于鲁克尼亚水域，面积超过4500平方公里的南北鲁克尼亚珊瑚礁，是主要的鱼场及鱼只繁殖区，该区距离美里介于80至120海里。
污染废料流入大海
砂拉越森林企业机构海洋生物学家占姆士巴里表示，美里实务的珊瑚礁国家公园除了面对非法作业的拖网渔船对海洋生态环境构成威胁，也严重面对沿海土地开发和发展构成的生态破坏影响。
“土地开发将构成沿岸出现土壤流失，及污染废料流入大海，珊瑚生长环境需要清澈，适度水温的海水，如果水质受到污染或混浊将造成珊瑚面临死亡。”
“目前除了拖网渔船活动对珊瑚礁构成破坏打击外，本区之前出现的苏禄人炸鱼活动，在大马海事执法机构、警方及渔业局等联合行动后已成功控制局面；这些珊瑚礁非一朝一夕长出来，人为因素破坏可能马上毁了珊瑚礁。”
发现逾百种珊瑚
位于美里实务的浅海的珊瑚礁国家公园，早在2003年砂州策划单位在美里进行珊瑚礁区收集数据中，发现公园内发现超过100种珊瑚种类，许多罕见的珊瑚，海洋微生都被发现，显然证明遍布美里岸外浅海地区的礁岩，有待透过保育珊瑚礁生态环境。
珊瑚通常只生长在清洁的海域里，海水中过多的污染物质，都可能对珊瑚造成伤害。当水中的沉积物沉降在珊瑚的表面，包埋住珊瑚虫，致使珊瑚窒息死亡；少量的沉积物会减低水中的光度，影响珊瑚的正常生理活动，连带影响珊瑚的成长速率，妨碍珊瑚幼虫的附着和发育，或者改变珊瑚的生长形态。
一般而言，较大的珊瑚虫经由分泌的黏液吸附沉积物质，能清除少量的沉积物，再靠着海流或触手的摆动，把它排出群体表面。由上面的叙述看来，珊瑚是对环境品质要求很严格的生物，它们对环境的改变非常敏感；而且，只有在合适的环境中，才有蓬勃欣茂的珊瑚生长，也才有生机盎然的珊瑚礁生态系存在；因此，珊瑚礁生态系的存在，是一个很好的环境指标，它可以做为环境品质的指示灯。
鱼类的“家乡”
保护珊瑚礁势在必行
作为国家海洋资源保护的属下单位之一，隶属首相署的大马海事执法机构，对保护海洋生态和资源保护，认为珊瑚礁岩的保护，有助国家海产及国家收入重要部份，全球人类对地球土地开发，对海洋生态构成破坏与污染已达日益严重地步。
砂海事执法局长伊斯迈利说，地球上75％海洋鱼类居住在珊瑚礁区，保护珊瑚礁工作势在必行，否则将造成国家失去海洋生态资资。
他披露，从生物学角度分析，珊瑚礁是鱼类的“家乡”，大部分的海洋鱼类都栖身在珊瑚礁区，因此政府立法保护珊瑚礁，确保不受破坏，除了达浪达浪岛是列为国家公园，及美里实务的珊瑚礁国家公园外，政府有必要扩大州内水域的珊瑚礁保护工作。
“北砂拥有最大珊瑚礁覆盖区，包括民都鲁及美里岸外，其中远离砂州领土的鲁克尼亚水域拥有丰富的珊瑚礁群，建议州或中央政府宪报公布辟为海洋生态公园。”
“保护珊瑚礁，将有助保护国家渔场，通过各种保护珊瑚生态措施，将可吸引国际游客的到来，尤其是旅游潜水事业。”
沙巴州的旅游业蓬勃发展，其中海岛及潜水事业成为主要吸引游客重要部分，今年首10个月，到访沙巴州的中国游客人数占31万人(占46.1%)，大部份都为了旅游潜水活动慕名而来，每年带来庞大的旅游业收益。
过度开发 土壤侵蚀
沉积泥冲击珊瑚礁
科廷大学目前在峇南地区积极进行一项深度科学研究，有关以生态机制系统运行研究计划，称为“峇南计划”，且是项综合性研究计划，研究范围包括面积2万4000平方公里的峇南河流域，及美里实务的珊瑚礁国家公园。
砂拉越科廷大学副校长兼砂科廷大学研究所主管郭克伦教授表示，该大学目前在此合作计划中，研究结果和所得数据档案将成为未来参考和其他应用价值，包括提供峇南人民生态系统的管理与参考，然而此项研究对美里实务的珊瑚礁国家公园保育会是深远影响。
该大学副教授多米尼克及地质学工作团队，也在峇南河上游积水区，透过卫星图分析和绘制土地开发及应用地图。
“透过卫星图高空侦察，目前峇南积水区9000平方公里的土地已开发应用，土地开发将会引起土壤侵蚀，增加峇南河负载和泥沙冲击量。”
峇南内陆大片土地开发，造成土壤严重流失且增加峇南河泥沙冲击和沉淀数量，最终大量的沉淀泥沙被带到大海。
科廷大学展开研究
因此，该大学研究发现，峇南河带来的大量沉积泥沙，对美里实务的珊瑚礁国家公园构成严重性破坏；研究人员从河水、沉淀物和种植材料中，抽取样本进行重金属化验和基线数据设置；可供未来峇南河流域发展计划的评估和基线数据参考。
郭克伦说，美里实务的珊瑚礁国家公园的经济价值估计达1亿9300万令吉，科廷大学峇南计划的科学家，也投入离岸研究阶段，在国家公园内28座礁区进行声纳测绘，研究包括从生长和老珊瑚的芯进行化验分析，以揭示海洋沉积物和海水温度变化历史。
他披露，海水温度变化数据，将成为当地面对全球气候变化，对地球生态变化反应和水温变化历史数据追朔；该项研究计划推断出，峇南河冲击的大量泥沙将长期存在和加剧。
制定海洋公园法律
力阻海底资源掏空
砂首席部长丹斯里阿迪南沙登说，“如果砂拉越人现在不去保育海洋资源，假以时日我们的海底资源将会被掏空，所以政府已制定海洋公园律法，目的就是要阻止外国渔船，及我国渔民拖网渔船在浅海地区，无节制地大肆捕捞活动。”
“世界珊瑚礁区已有三分之一的资源遭到破坏，国油与砂森林企业机构联合推行的‘国油海洋生态保育计划’，可以扩大本州海产产量，增加本州海产收益，这些人造礁一旦置入海床6个月后，将成为鱼群的繁殖地点，及珊瑚生长的温床。”
阿迪南重申，珊瑚是一种对水温环境非常脆弱的生物，所以政府协助本地渔民除了提供更多可让鱼群繁殖生长的人造珊瑚礁区，增加鱼场。
置人造礁鱼产增
早在1998年在三马丹附近达浪达浪岛附近，砂森林企业机构在海床投置人造礁球后，当地的鱼产量，明显上升，也改变了当地部分渔民的生活方式，从过去的捕鱼为生，转型成旅游业。
三马丹目前是南砂的休闲海钓场，当地居民使用小渔船载送钓客，在沿海垂钓已成为当地一种旅游特色，逐渐成为渔村生活迈向转形的关键；目前三马丹附近甘榜逾百艘渔船，提供载客出海垂钓，一般每天吸引百数国内外钓手慕名而来。
首长阿迪南说，本地渔民获准在珊瑚礁区进行垂钓或使用传统的捕鱼活动，但非拖网捕鱼，这就是政府阻止非法入侵我国水域的非法渔船，侵略和盗窃我们的资源。
“砂州已制定明确的海洋公园保育区法律条文，执法机构和官员有必要和依据既定律法展开更严格的执法行动，如果我们都爱砂拉越，大家应该要保育我们的环境和海洋资源。”
生态保育开销大
位于巽他大陆棚范围的砂拉越领海，面积超过砂拉越领土面积，这里水深少于200公尺，都是本州的主要海产区，丰富的海洋资源和生态环境，必须靠着加强执法才能达到海洋生态资源保护目标。
砂州狭长的海岸线，在海洋生态保育工作，不只面对庞大的经费开销，在实践保育工作各方支配上，也将是一大挑战，除了需要更多可助支配的执法能力。
无论如何，副州务秘书拿督查勿沙米翁认为，砂森林企业机构与国油公司携手合作，在美里实务的珊瑚礁区范围，将置入1750个人造礁球入海床的“海洋生态保育”合作计划，将成为砂州海洋生态保育工作的另一开端，对本州未来海洋资源开发是重要的。
“国油与砂拉越森林企业机构合作下推行的‘海洋生态保育计划’预计能增加沿海地区渔民收入，达致当地长远海洋生态保育目的，成为旅游业发展的基础。”
塑造海洋森林生态区
砂森林企业机构与国油公司携手合作，耗资800万令吉的在美里实务的珊瑚礁区国家公园，投置1750个人造礁球计划，将在5年内落实，塑造成本国新一个“海洋森林生态区”，促进美里生态旅游业发展；这项计一旦完成，占地1万2200公顷的海床将成为1750粒人造礁球的长眠处。
美里实务的珊瑚礁国家公园是大马第二大的“海洋国家森林”，这里生长种类繁多的珊瑚，也是每年海龟迁移的主要通道，它们周期性从南砂水域，来回沙巴东岸地区，经历逾2000公里的冒险旅程，回到还来的出生地产卵繁殖后代。
国油公司在2015年与砂森林企业机构展开的一项为5年的保护环境生态计划，为保护美里实务的珊瑚礁海洋森林的生态努力，保护这片海洋森林生态，投置1750个人造礁球下海，提倡保护海洋生态等计划，和开创环保教育，此外生态保育计划将着重向在籍学生和社区人民就环境保护灌输教育和提高意识；进一步推动砂拉越的生态旅游活动，以及促进美里和实务的区的经济连锁效应。