根据巴西克鲁斯基金会（Fiocruz），全世界已经发现1000多种变种病毒株，其中近100种在巴西传播，包括在玛瑙斯（Manaus）发现的P.1，英国的B.1.1.7，南非的B.1.351，印度的B.1.617，以及最近在圣保罗州内陆再发现全新的P.4。
这些从巴西或其他国家的原始病毒株产生突变的病毒株在巴西自由传播，导致患者人数增加，医疗院所爆满，医疗系统饱和更多死亡。
巴西流行病学家哈劳（Pedro Hallal）指出，由于巴西联邦政府不采取科学建议的措施，疫情从未得到控制，出现许多变种病毒株是很自然的结果。
其中如P.1和B.1.351更具传染性，传播率比原来的新冠病毒Sars-CoV-2高60%至70%，造成疫情加速失控。
另一个危险是现有的疫苗不一定对所有变种病毒株生效。到目前为止，所有已经完成的研究都取得了正面成果，所以不要出现新变种病毒株的最好方法是控制病毒的传播。为此，巴西需要实施封锁等措施，并加快疫苗接种计划。
问题在于，巴西从未采取彻底封锁措施，而是使用「拉手风琴」的手法控制疫情：病例和死亡人数持续一、两周居高不下时，采取较严格的限制措施；指数开始下降后，又放宽限制措施。
巴西萨宾疫苗研究所（Instituto Sabin）副所长、流行病学家贾瑞特（Denise Garrett）指出，高传播率意味着病毒的高复制率，致使巴西成为有利于病毒变异的沃土；如让这些变种病毒株自由传播，只会提供机会让它们更好地适应在人类间传播。
此外，民众接种疫苗期间没有采取隔离措施，可能会产生超强的变种病毒株，因为正是接种疫苗者与变种病毒株之间的接触，才会出现超强突变：当病毒进入人体细胞，遇到仍然少量的疫苗抗体，在进行复制时可能会促进对这些抗体产生抵抗力的突变，最终能够完全避开疫苗的作用。
巴西的疫苗接种速度进度缓慢，自1月17日以来，只有20%的人口接受至少1剂疫苗，其中约7成使用圣保罗州卫生厅旗下的布坦坦研究所（Instituto Butantan ）与中国北京科兴药厂合作研发的COVID-19疫苗CoronaVac。
布坦坦研究所所长柯瓦斯（Dimas Covas）在疫情记者会说，因疫苗短缺，预计直到9月，巴西将保持缓慢的疫苗接种速度。